Convertir a los puertos deportivos en agentes sociales dentro de la Comunidad andaluza es el objetivo principal de Marinas de Andalucía. Los puertos deportivos deben ocupar un lugar notorio dentro del sector turístico y deben ser reconocidos y valorados como elementos de desarrollo y progreso para las poblaciones y el entorno donde se insertan ya que son una oferta turística de calidad y generadora de riqueza y empleo.
La misión de Marinas de Andalucía es la de representar, gestionar y defender los intereses generales de los puertos deportivos de la Comunidad de Andalucía, todo ello con objeto de contribuir al desarrollo y mejora de estas instalaciones en todas las actividades que integran el sector, en sus diferentes aspectos: náutico, turístico, técnico, económico, laboral, tributario y organizativo.
La profesionalidad y la calidad de los servicios son los principales valores de los puertos asociados a Marinas de Andalucía.